En 1995 Chavela dió un concierto en el Teatro de Bellas Artes del D. F., al que asistió todo el México dirigente. Ahí le entregaron las llaves de la Ciudad.

En el 2001 fue condecorada con la Gran Cruz de la Orden de Isabel la Católica por un real decreto aprobado en el Consejo de Ministros del gobierno español en reconocimiento a su extensa trayectoria artística.

En el 2004 recibió el premio Imagen Frida 2004 otorgado por la Asociación de Mujeres con discapacidad.

En el 2006 las autoridades del Gobierno del Distrito Federal destaparon una placa por los 50 años de la carrera de Chavela en el Teatro de la Ciudad de México.

En noviembre del 2007 recibió el premio Grammy en Homenaje a su carrera artística pero no acudió a recibirlo.

Entre la comunidad huichol se le nombró como “chamana”, título que presume con orgullo en todo el mundo, una medalla de identidad que, en sus palabras, “está antes que cualquier otro reconocimiento”.